På møllens 125-årsdag i 1984 stiftede ”Selskabet til Bevarelse af Gamle Bygninger i Haderslev” ”Den Selvejende Institution Sillerup Mølle”, der i efteråret 1985, som aftalt med møller Thomas Freese inden hans død, købte møllen og ovnhuset.
At Sillerup Mølle drives som en selvejende institution, giver fleksibilitet til at køre stedet, og muligheden for at tjene penge ved at sælge produkter og arrangere aktiviteter. Som selvejende institution kan vi også søge fondsmidler og andre former for finansiering, som kan hjælpe med at dække omkostningerne ved drift og vedligeholdelse af møllen.
Den selvejende institution Sillerup Mølle samarbejder med støtteforeningen Sillerup Mølles Venner
Gennem aktiviteter omkring møllen sikres dette fine kulturmindesmærke for alle i lokalområdet og for turister.